BrainServer: Het creëren van een interactieve en collaboratieve werkomgeving

Omnigen heeft een computationele omgeving voor de Neurogenomics onderzoeksgroep van Dr. Inge R. Holtman gecreëerd. Door het gebruik van Google Cloud computing kan er in deze omgeving een databasestructuur, computationele pipelines, en tools ontwikkeld worden voor het uitvoeren van genomische analyses.

De Uitdaging

In 2020 werd Dr. Holtman een junior groepsleider in het veld van Neurogenomics na het succesvol najagen van een Rosalind Franklin Fellowship aan het Universitair Medisch Centrum in Groningen. In een van haar belangrijkste projecten werkt ze samen met de Nederlandse Hersenbank (NBB), met als doel de Nederlandse Neurogenomics Database op te zetten. Deze heeft als doel om uitgebreide klinische en neuropathologische gegevens van de NBB te integreren met nieuwe genetica en genomics data. Binnen haar gloednieuwe onderzoeksgroep was een efficiënte samenwerkingsomgeving vereist.

De Oplossing

Omnigen heeft de infrastructuur van de collaboratieve Cloud werkomgeving opgezet. De omgeving bevat een Google Compute engine als de centrale opslagplaats die Jupyter host voor computationele taken. De compute engine is verbonden met de Cloud opslag. Bovendien heeft Omnigen een MOLGENIS applicatie geïmplementeerd voor biologisch databeheer, zodat de onderzoeksgroep een eigen databasestructuur kan opzetten.

De Resultaten

De nieuwe samenwerkingsomgeving kan worden gebruikt om datasets te verwerken en te analyseren met behulp van een breed scala aan genomische en moleculaire computationele tools. De flexibele aard van de omgeving maakt het mogelijk om te werken met verhoogde computationele eisen. De omgeving stelt de onderzoeksgroep Neurogenomics bovendien in staat om zelfstandig analyses uit te voeren, tools en pipelines te ontwikkelen, en data op te slaan en te delen met medewerkers.

Over de Klant

Dr. Holtman is junior groepsleider in de sectie Moleculaire Neurobiologie van het Universitair Medisch Centrum Groningen (UMCG). De voornaamste focus van haar onderzoeksgroep is het bestuderen van de relaties tussen genetische variatie en het ontstaan van verschillende hersenziekten in samenwerking met de Nederlandse Hersenbank.

Industrie: Non-profit
Locatie: Nederland

Partner Bio

Omnigen BV is een bedrijf gevestigd in Delft op het gebied van biotechnologie. Met expertise in bio-informatica en biologie is Omnigen een Google Cloud computing specialist voor de Life Sciences & Health branche. Met als doel "om de wereld gezonder te maken", heeft het bedrijf verschillende instellingen geholpen hun biologische, omics of medische uitdagingen te overwinnen door hen te adviseren en te begeleiden bij de implementatie van op maat gemaakte, schaalbare en gebruiksvriendelijke Google Cloud services.

Oplossingspijlers: Data Management, Productivity and Collaboration, Migration, & Infrastructure Modernization

Product: Google Cloud Platform