Omnigen is op zoek naar een PhD kandidaat voor het project "Statistics for Biologists: Leveraging user design for transcriptomics analysis". Statistiek en wiskunde worden vaak toegepast voor algoritmes die door biologen worden gebruikt voor analyses. Vaak hebben deze biologen een minimale statistische achtergrond. Single-cell RNA-seq analysis (scRNA-seq) is een cutting-edge bio-informatica veld dat zich richt op het identificeren van alle cel (sub-)types van een organisme. Dit is ook gedemonstreerd in het Human Cell Atlas project.
ScRNA-seq is steeds vaker benodigd voor biologisch onderzoek, waarvoor verschillende vakgebieden, zoals bio-informatica, wiskunde, statistiek, informatica en biologie samen komen. Door de brede expertise die nodig is voor deze projecten kan het lastig zijn voor biologen om de algoritmes die zijn ontwikkeld door de bio-informaticus toe te passen. Goede algoritmes zijn geweldig, maar niet als mensen ze niet kunnen gebruiken. Hoe zorgen we ervoor dat we dit gat kunnen sluiten?
Galaxy is een veelgebruikte tool die het mogelijk maakt voor gebruikers zonder programmeerkennis om gebruik te maken van deze algoritmes. Het Galaxy Training Network en de jaarlijkse GTN Smörgåsbord bieden een platform voor training in het gebruik van Galaxy. Echter hebben veel gebruikers nog steeds moeite om de analyses toe te passen op hun eigen data, en zijn gelimiteerd met de tools die momenteel beschikbaar zijn in Galaxy. De populariteit van scRNA-seq neemt toe, en de vraag naar het toepassen van geavanceerde technieken (zeker voor spatial data analyses) ook. De student zal focussen op dit veld voor het project. In samenwerking met Omnigen zal de student op zoek gaan naar publieke/privé datasets als proof of principle, hierbij is het de bedoeling om op zoek te gaan naar biomarkers voor ziekten. De student zal starten met de ontwikkeling van tools en trainings materiaal voor geavanceerde Single-cell en spatial analyses voor het Galaxy Platform. Daarnaast moeten de methodes en training verder worden geoptimaliseerd door human computer-interaction design methodes toe te passen en rekening te houden met de doelgroep (gebruikers zonder achtergrond in wiskunde/statistiek) die de tools (vaak incorrect) gebruiken.
Bij interesse in dit project kan er contact worden opgenomen via . Het project heeft een duur van ongeveer 4 jaar en zal grotendeels worden uitgevoerd bij The Open University in het Verenigd Koninkrijk. 3-6 maanden van dit project zullen worden uitgevoerd bij Omnigen. Reacties op deze positie ontvangen wij graag voor het einde van februari 2022.
